Ogród Zoobotaniczny jest jednostką budżetową Gminy Miasta Toruń.
Powołany uchwałą Rady Miasta Torunia nr 346/93 w dniu 27.05.1993r.jako zakład budżetowy i przekształconą w jednostkę budżetową uchwałą nr 307/99 Rady Miasta z dnia 21.10.1999r.
Nr zezwolenia na prowadzenie Ogrodu: DOPog-4201-05-VII-1/04/kl
Nr weterynaryjny: PL 04638601